Das um 1100 gegründete Benediktinerkloster Gerode hatte sieben Jahrhunderte lang einen sehr großen Einfluss auf die Entwicklung Bischofferodes; es hatte nämlich, wie die Kirche zu Dietenborn, Güter hier. Im Jahr 1186 wurde der Ort zum ersten Mal urkundlich erwähnt, der Mainzer Erzbischof Konrad I. spricht von Gütern der Kirche zu Dietenborn in „villa bischofferode“. Das heutige Hauröden wird 1206 zum ersten Mal urkundlich erwähnt („Hauweritten“). Bischofferode selbst gehörte im 13. Jahrhundert dem Grafen von Honstein-Lohre-Clettenberg. Im gesamten dreizehnten Jahrhundert kämpften die Thüringer Landgrafen mit den Mainzer Erzbischöfen um den Einfluss im Eichsfeld, viele kleinere weltliche und geistliche Feudalherren wurden in diesen Konflikt mit einbezogen und als Vasallen benutzt.
Als sich am 29. Juni 1216 der Landgraf Hermann I. auf der Ebersburg bei Hermannacker aufhielt, war unter den anwesenden Feudalherren auch Rudolfus von Husen (bei Bischofferode). Der Ritter Bernhard von Worbis verkaufte 22 Jahre später sein Lehngut zu Husen an das Kloster Gerode, welches wiederum das Land als Erbpacht an die Bauern aus Bischofferode gab. Im Jahr 1662 wird erstmals ein Ort namens Wenigenbischofferode in einer Urkunde genannt.
Am 2. Februar 1293 kam es zu einem weiteren Verkauf, die Klöster Reinhardtsbrunn und Dietenborn verkauften nämlich ihre Gesamten Güter zu Bischofferode, Poppenrode und Haynrode ebenfalls an Gerode. Das heutige Hauröden wird 1370 als „Hauweryden“ bezeichnet. In einer Urkunde vom 5. 1. 1431 ist wiederholt von 2 Orten die Rede, von Groß- und Wenigenbischofferode, von einer „flur zu beyden Bischofferode“. Letztendlich kamen diese beiden Orte mittels Verkauf durch den Graf Honstein an den Abt des Klosters in Gerode. Mit der Zeit wurde aus diesen zwei Dörfern ein einziges Klosterdorf.
Bis 1580 währte in Bischofferode die Reformation, ab da setzte allerdings die Gegenreformation der Mainzer Erzbischöfe und Kurfürsten im gesamten Eichsfeld an. Im Rahmen des Bauernkrieges zerstörten Bauern aus dem Ort und vier anderen Klosterdörfern am 5. Mai 1525 das Kloster Gerode. Kurze Zeit später brach der dreißigjährige Krieg über Deutschland hinein. Im Juli 1623 kam der „tolle Christian2 von Braunschweig, schon zum zweiten Mal, und überfiel mit seinen Söldnern Klosterdörfer, steckte das Kloster in Gerode in Brand und schleppte den Pfarrer Johanne Hunger auf Bischofferode fort. Das Eichsfeld hatte schon unter den plagenden, räubernden Truppen der Kriegsparteien zu leiden, als im Oktober 1625 die Pest auch noch die Gegend heimsuchte. Im Herbst 1631 zogen siegreiche schwedische Truppen durch das Land in Richtung Rhein. Aufgrund der Ereignisse war der Ort 1640 inzwischen so arm, dass er keinen Zins mehr zahlen konnte. Im Jahr 1643 zogen die Schweden von Henners Torstenson von Stöckey über Bischofferode in Richtung Kloster Gerode. Sie stahlen Vieh, Fleischwaren und einiges anderes. Später mussten auch die Truppen des Kaisers einquartiert und versorgt werden, so kam es, dass nur sehr wenige der Felder bestellt waren. Am 15. Dezember 1644 überfiel der schwedische Oberst Birkefeld mit 17 Reitern den Ort und erbeutete 15 Pferde. Im Frühjahr 1647 mussten die 27 im Eichsfeld verbliebenen Pfarrer 30 Taler aufbringen, um die in Worbis, Heiligenstadt und Duderstadt einquartierten Söldner der Schweden zu unterstützen. Aufgrund der harten, ständig zu leistenden Frondienste für das Kloster führten die Einwohner 1771einen Prozess gegen den Abt für Befreiung von bestimmten Lasten; dieser war allerdings nicht von Erfolg gekrönt.
Am 3. August 1802 wurden das Kloster Gerode sowie das restliche Eichsfeld von preußischen Truppen besetzt, Bischofferode wurde zum Amtsdorf ernannt. Im Zuge der Eroberungen Napoleons und des anschließenden Frieden von Tilsit kam der Ort 1807 an das Königreich von Westfalen. Unter König Jerome von Westfalen wurden auch viele Bischofferöder für dessen Kämpfe in Spanien und Russland eingezogen. So hatte Bischofferode 1800 noch 851, 1816, nach den Befreiungskriegen gegen Napoleon, jedoch nur noch 744 Einwohner.
Der Wiener Kongress von 1815 teilte das Eichsfeld. Während die Kreise Heiligenstadt und Worbis wieder preußisch wurden, kam der Kreis Duderstadt an das Königreich Hannover. Trotz der nun preußischen Herrschaft hatten die Einwohner noch immer Frondienste an das Kloster zu leisten. Im Jahr 1844 erhielten 4 Einwohner insgesamt zehn Scheffel Saatkartoffeln.
Im November 1907 richtete die Firma Boeckelmann aus Herford im Saal der Helbingschen Gastwirtschaft eine Zigarrenfabrikation ein, in der zunächst 22 Mädchen arbeiteten. Schon zwei Jahre später kaufte die Firma ein Gartenstück des Schmiedes Artmann und errichtete dort ein eigenes Gebäude, in welchem bis Ende des zweiten Weltkrieges Zigarren hergestellt wurden. Am 1. November 1910 wurde die erste Eisenbahnstrecke in Bischofferode eröffnet, sie ging von Großbodungen über Bischofferode durch Bleicherode nach Herzberg. Der Bahnhof liegt relativ weit außerhalb des Dorfes, dies ist so aufgrund der Uneinsichtigkeit der damaligen Grundstücksbesitzer, welche damals vom Bahnhofsbau nichts wissen wollten. Während des ersten Weltkrieges gab es im Dorf keinen einzigen Mann zwischen 19 und 46 Jahren mehr. Die Frauen und Kinder mussten also in der Landwirtschaft arbeiten, dies wurde außerdem noch dadurch erschwert, dass die meisten Pferde von der Heeresführung eingezogen wurden waren. So mussten die Felder schon im Herbst 1914 mit Kühen bestellt werden. Am 28. Januar mussten alle Kupferkessel abgeliefert werden. 1916 hatten bereits 50 Häuser elektrisches Licht. Von den 113 Männern, die damals in den Krieg zogen, starben 41 in diesem. Anschließend leidet Bischofferode ebenso wie ganz Deutschland unter der Nachkriegskrise und, später, unter der Weltwirtschaftskrise. Durch eine schreckliche Überschwemmung infolge mehrerer lang andauernder Gewitter entstanden vom 7. bis 9. Juli 1926 starke Schäden im Dorf. Kurz darauf mussten die Bischofferöder von 1928 bis 1929 auch noch einen sehr strengen Winter überstehen.
Im Zuge der Machtergreifung der Nationalsozialisten verschwand unter anderem der Kaplan Himmelmann über nacht, spurlos. Ein weiteres Opfer war Josef Heise, der 1934/35 eineinhalb Jahre im Konzentrationslager Brauweiler/Eifel verbrachte. Wieder wurden, wie schon im ersten Weltkrieg, viele Männer zum Kriegsdienst eingezogen. Gegen Ende des Krieges, am 4. November 1944 wurde am Bahnhof Bischofferode ein Außenkommando des KZ Mittelbau-Dora eingerichtet. Insgesamt 62 Häftlinge wurden täglich aus dem Lager „Emmi“ in Kleinbodungen nach Bischofferode gebracht. Dort mussten sie in Werkstätten unter Zelten an V-Waffen arbeiten. Die Arbeiter waren ein Teil der über 50.000 Menschen, die im KZ Mittelbau-Dora arbeiten mussten. Über 15.000 von ihnen starben dabei. Das Arbeitskommando wurde Anfang April 1945 aufgelöst.
Kurz vor Kriegsende wurde ein großer Trupp Frauen, in KZ-Kleidung, aus Richtung Duderstadt, von der weiblichen SS ins Dorf getrieben. Die ausgehungerten, erschöpften Gestalten lagerten zunächst in der Töpfergasse. Sie bettelten um Brot und Wasser, doch die Versuche einiger Einwohner wurden durch die Wachmannschaft unterbunden. Über Nacht wurden die Frauen in Ställe eingesperrt und am nächsten Morgen in Kolonnen Richtung Harz getrieben.
Der Krieg endete für Bischofferode am 10. April 1945, dann an diesem Tag wurde es von US-Amerikanischen Panzern besetzt. Doch schon am 4. Juli in dem selben Jahr rückte die Sowjetarmee ein. Am 1. Oktober des Jahres 1946 wurden alle 26 Ortschaften des östlichen Eichsfeldes dem Kreis Nordhausen angeschlossen. Im Jahr 1971, genauer am 18 5., zog ein großes Unwetter über Bischofferode und richtete Zerstörungen an.